1813年，杰出的苏格兰裔蒙特利尔商人和慈善家，格拉斯哥大学校友詹姆斯·麦吉尔去世时立下遗嘱，将47英亩庄园土地和1万英镑馈赠给皇家高等学会，用以创办一所学院或大学。1821年英王乔治四世颁布了一项皇家召令，以麦吉尔为名建立了一所学院。第一任校长由魁北克省第三任圣公会主教The Right Rev. George Mountain担任，其同时也是主教大学和中学主教学院的校长。1829年，蒙特利尔总医院的教学部并入麦吉尔学院，学校改名为麦吉尔大学（McGill University），并于同年正式开课。麦吉尔大学被允许建立于英国对加拿大殖民统治时代，比加拿大联邦政府建立早46年，是加拿大最古老的大学。

早在十九世纪，已有三所加拿大大学跻身世界百强，麦吉尔大学位列龙头。自1926年以来，麦吉尔大学一直是美国大学协会（Association of American Universities, AAU）成员（北美一共62所大学入选，加拿大仅有2所大学入选）。此外，麦吉尔大学是世界经济论坛--全球大学校长论坛的全球26所获邀高校之一，也是加拿大仅有的获邀高校。同时，麦吉尔大学也是美国研究型大学协会URA（Universities Research Association）、Universitas 21等组织成员。

加拿大有两所大学曾是麦吉尔大学的分校，后来获批独立：维多利亚大学（1903，前身麦吉尔大学BC省维多利亚学院），不列颠哥伦比亚大学（即UBC，前身麦吉尔大学不列颠哥伦比亚学院 McGill University College of British Columbia）。阿尔伯塔大学两位创始人Alexander Cameron Rutherford和Henry Marshall Tory，以及多所加拿大学创始人、校长也均为麦吉尔校友。麦吉尔大学授课语言为英语，地处讲英法双语的蒙特利尔（Montreal）市区的中心，不但拥有大量的国际学生，而且很多世界上的知名学者也慕名而来。当年著名物理学家卢瑟福曾在麦吉尔任教担任物理系主任，进行了大量研究发现放射性衰变粒子（α和β射线），后在曼彻斯特大学发现了原子的结构。麦吉尔大学自身有十位诺贝尔奖获得者，以及多名如卢瑟福这样在麦吉尔大学任教和做过研究的诺贝尔奖得主。

麦吉尔大学入学标准相当严格，挑的都是顶尖学生，以居高不下的新生入学平均分闻名于世，其平均录取分数为全国所有大学之首，也就是说麦吉尔大学是全加拿大最难进的大学。尽管越来越多的申请者趋之若鹜，但麦吉尔大学一直保持一定的师生比例，控制注册学生数量和课堂大小，以保持优良的教学质量。

麦吉尔大学现有学生39,998名，其中全日制学生为28,880名 ，魁北克省人占52.3%，外省学生占22.2%，美国学生约为5.7%，来自其他150多个国家的留学生则约占25.5% 。麦吉尔大学内的美国学生人数位居全加大学第一，其原因是麦吉尔大学作为公立大学，其学费比美国的各常春藤大学便宜，而教学质量不亚于美国的常春藤联校，因此麦吉尔大学也有加拿大的「常春藤」之称。

上个世纪五六十年代，是麦吉尔大学最辉煌的时期。学术上的非凡成就与其辉煌的历史让麦吉尔和哈佛齐名，被誉为“加拿大哈佛”。但是长达20多年的魁北克的独立运动造成多伦多城市的崛起而使蒙特利尔沦为加拿大第二大城市，以致麦吉尔大学的发展也受到影响，直到魁独运动平息后才逐渐恢复元气。但麦吉尔大学在微型机器人、神经再生与功能恢复、人类疾病的遗传基础、癌症研究及抑制癌细胞扩散、电信研究、生存发展、国际危机行为、海洋产品、政治科学等多项研究项目上依然比常春藤盟校更胜一筹。

2020年4月2日，麦吉尔大学加入国际大学气候联盟。